7月29日，中央第四环境保护督察组向安徽省委、省政府反馈督查意见中指出，巢湖流域水环境保护形势严峻，滨湖新区违规破坏湿地、侵占湖面现象严重，沿巢湖的两公里“岸上草原”系违法项目。
近年来，巢湖水华高发，2015年最大水华面积321.8平方公里，占全湖面积42.2%；2016年水华最大面积为237.6平方公里，占全湖面积的31.2%。2017年一季度，巢湖湖体总磷浓度和富营养化状态指数同比均呈上升趋势。
一段时间以来持续高温，巢湖蓝藻“抬头”，尤其位于巢湖市水厂取水口附近有大量蓝藻聚集。根据新一期巢湖蓝藻应急防控检测结果显示，7月23日，巢湖水域水华面积约13.06平方千米，主要分布在巢湖西半湖北部，水华规模为“零星性水华”。
督察还发现，合肥市滨湖新区违规将防浪林台湿地和派河口天然湿地用作建筑垃圾消纳场。目前，14万平方米防浪林台内湿地已经被渣土填平，完全丧失了生态功能；派河口天然湿地已倾倒土方约50万立方米，占用湿地60万平方米。同时，渡江战役纪念馆西侧湿地也陆续被土方填埋，损毁湿地约16.8万平方米。
反馈意见中指出，2013年合肥市实施巢湖沿岸水环境治理及生态修复工程，将原本连成一片的湿地从中隔断，预留部分区域作为滨湖新区旅游码头用地。2014年又以实施滨湖湿地公园工程名义，在近两公里的湖岸违法建设“岸上草原”项目，还以建设防波堤名义围占湖面，以保护之名，行开发之实，其中约2000亩湖面已经用作旅游开发。
另外，十五里河、南淝河和派河水质长期劣Ⅴ类，3条河流入湖污染物巨大。2013年立项的十五里河污水处理厂三期工程迟迟没有建成，导致每日约6万吨生活污水直排。南淝河流域长期没有实施有效的雨污分流，加之管网大量错接、漏接，流域污水处理设没有发挥效益。派河流域的肥西县污水处理率不足30%，大量污水直排，主要支流潭冲河和王建沟水质逐年下降。
督察组反馈意见指出，《巢湖流域水污染防治条例》出台后，条例规定的有关要求基本没有落实，甚至仍然大量违法开发建设。2011年通过行政区划调整，巢湖整体纳入合肥市管理，并成立安徽省巢湖管理局，以便对巢湖实现统一保护监管，但由于职能交叉，权责不清，监管不力，体制优势没有得到发挥。
督察要求，安徽要严格落实环境保护党政同责和一岗双责，依法依规严肃责任追究，对于督察中发现的问题，要责成有关部门进一步深入调查，厘清责任，并按有关规定严肃问责。同时，抓紧研究制定整改方案，在30个工作日内报送国务院并及时向社会公开。
