然而，上游来水量的不断减少令争水问题仍然不断激化。进入90年代后，每逢灌溉季节，漳河上游河道径流不足每秒10立方米，而沿河两岸工程的引水能力却超过每秒100立方米。想分水，却无水可分。
林县当地人对此非常感慨，红旗渠灌区管理处的周锐常副主任介绍说，红旗渠已不能全部实现建成当时的功能。林州人不再喝红旗渠水了，县城生活用水由建于淅河上游的弓上水库来解决，而农村靠打机井。“20年前站在红英汇流的渠边，飞溅起来的水雾能将衣服都打湿”。而现在我们站在同一个地方，只看到浅浅盖住渠底的一点水流。
2001年，在漳河上游管理局的支持下，红旗渠开始跨省调水，从山西省漳泽等5座水库引水3100万立方米。为此，林州市政府出资94万元买水，解决了林州市30多万亩土地的灌溉问题。
只是当年红旗渠水多，慷慨来得容易，而现在就难了。
