但当他们正式工作时，才发现事情远比单纯的「第三类接触」更可怕、更残忍。Thomas Castello的职位在保安组是属于高层，拥有相对比较大的自由度，可以借维修闭路电视的名义，进出较多的实验室。他发现「道西基地」根本和所谓的「医疗实验室」风马牛不上及，反而是他有生以来见过最高科技的实验室。在「道西基地」，Thomas Castello看到那些理论上只存活在人类幻想中的科技：星航操作、精神控制应用、快速的人体克隆、能量/物质转移。
但当中最让Thomas Castello感到恶心的是，在基地的第6层有一个叫做「动物园」或「恶梦长廊(Nightmare Hall)」的基因实验室。那里像运动场般大小的实验室，摆放了无数的笼子和玻璃冷冻箱(就好像电影「异形」那种)。里头除了经过基因改造的鱼类，海豹，鸟类和老鼠外，还有一些被活生生改造成七手八脚，支离破碎，器官错乱的女人和小孩。他们就像珍奇异兽般被关在笼子里。更加恐怖的是，他看见一些被注入了野兽基因的人类，变成畸形的「兽人」，例如巨型的蝙蝠人、老鼠人、狗人等等。Thomas Castello发现「道西基地」根本不是什么「医疗实验室」，而是一个人类史上最呕心和最变态的生化实验室罢了。
Thomas Castello察觉到不单止是自己，其他和他一样新报到的同事，开始发现眼前这个地下基地邪恶的本质，并感到无限的不安和恐惧。他有时候会看到两三个同事聚集在办公室的角落窃窃私语，神情恐慌的样子。有的更直接向他表示自己的「不舒服」，并提出联合起来，一齐反抗。虽然他职责上是要阻止他们并向上司会报，但经过内心一轮激烈的挣扎，Thomas Castello最后决定遵从自己的良心，反抗工作上的不义，和其他同事暗地里联合起来，一齐发掘「道西基地」真相。
