历时6天、跑了1600公里，台湾渔民组成的“护主权”船队终于在25日深夜完全停靠太平岛。未靠岸前，驻地海巡人员已宣布“不得拍照，不得录像”。而凤凰卫视3名随船记者也成为岛内争论焦点。活动发言人罗强飞25日在接受《环球时报》采访时表示，所谓由凤凰卫视记者参与联想到大陆资本介入此次活动的质疑完全是子虚乌有，台湾就是意识形态在作祟，想做点事情就会遭到“有心人士”的抹黑或抹红。
亲绿的《自由时报》25日称，20日渔船出发当天，虽然主办方声称未邀请政党，但出身东港的国民党屏东县党部主委苏清泉到场授旗，民国党则有十数人穿着黄上衣高举标语，让小渔村格外热闹。民进党“立委”王定宇在脸谱质疑称，屏东渔民组织的船队中有些船只挂着大陆“护祖产”的标语，并载有凤凰卫视3名隐藏身份的记者，“怎么可以让他们未申请就强行登岛，是不是国民党在违反台湾军事管制区的规定”。他称，渔船登岛是国民党借机谩骂蔡英文来显示他们的团结，“国民党立委应早知道太平岛是军事管制区，难道以护主权名义任何人都可进入？”民进党“立委”徐国勇也通过脸谱发出“渔船载着中国媒体要登岛？”“背后谁出钱？”以及“要制造两岸一起护祖产”等质疑。
负责太平岛防务的“海巡署”25日发表声明称，渔民及凤凰卫视记者登岛一事，因未获得“国防部”核准，相关人员不得登岛。至于何谓“不得登岛”，有官员称，就是船只可泊靠太平岛码头，但人员必须留置在渔船上，“人员登上码头就等于登岛”。至于媒体部分，官员称，在渔船上的媒体记者若在外海拍摄，海巡官兵没看到，也许管制不到，但只要接近岸际、码头，在官兵目视范围有非经许可的拍摄，就会加以制止。不过，“海巡署”也开了一点绿灯，发言人胡意刚称，码头是岛的延伸，渔民登上码头是“没有问题的”。“国防部”发言人陈中吉强调，太平岛是重要军事设施管制区，登岛人员须于45天前向“国防部”完成申请，经核定后方可登岛。25日下午，“行政院”发言人童振源称，渔民不宜在未经“国防部”同意就强行登岛，如每个人都可以进入太平岛，“国家的主权将荡然无存”。
面对引发的种种争议，“护祖产”活动发起人郑春忠低调表示，“随他们讲吧，该做的我还是会做”。活动发言人罗强飞表示，为了避免本次活动失焦遭到扭曲抹红，他们将“壮士断腕”，载有3名凤凰记者的“海吉利”号航行至太平岛后将停泊海上，不会靠岸。
罗强飞25日告诉《环球时报》，这3名记者虽然在凤凰卫视工作，但完全是“中华民国的国民”，决不是一些人所讲的大陆人。他说，对于这次渔民组织的活动，台湾媒体非常关注，像东森、三立和联合报等都想随团采访，但因为出海必须有船员证，否则就要以机关学术团体的名义提出申请，但时间显然来不及，而凤凰卫视的3名记者有船员证，因此可以合法登上渔船，“我们跟海巡署等单位是合法报关、合法报验，我们出去是完全合法的，只是一些人在抹红而已”。他还说，这次活动就是取太平水，证明它是岛，不是礁。在24日深夜发表的声明中，罗强飞还表示，“有人说，这次活动用保祖产为号召，呼应了大陆的说法。那么大陆也说台湾是中国的祖产，我们就不能说吗？”“渔业署”25日称，船上3名记者虽然有船员证，不过如果未有渔船受雇事实，就将依照船员管理规则，每人罚3万到15万元新台币。
有台湾网民上美国白宫请愿网站发动联署，呼吁美国政府正视南海裁决对台湾不公的问题，联署到8月14日截止。前驻美代表沈吕巡25日在《联合晚报》撰文称，“今欣见我立委在太平岛沙滩上插我国旗，我渔船满插国旗、渔民身着国旗装远赴太平岛，深觉民气之可用”，希望不要再由“国防部”出面，在船快到时才声称登岛要45天前申请，“这45天甚至比申请外国签证还久，试问何人可于45天前预见国际仲裁宣布的时日及结果？国防部是否要将我渔民的爱国行为施以‘人道救援’才准他们登岛，这样的国防部，又如何向我爱国青年募兵？这样的政府，看在南海诸国眼里，又将做何想法？”“国家政策基金会国安召集人”林郁方25日向以“大鹏”自称的“国防部长”冯世宽喊话说，“您认为不让我们的爱国渔民上太平岛，才能显示您对民进党政府忠心耿耿吗？”他同时揶揄蔡当局面对美国和日本时，就像“小鸟”依人，对付自己渔民时，却仿佛“大鹏”展翅。
《中国时报》25日称，民进党当局的不作为给蓝营提供空间，也引发渔民自发组船队到太平岛“宣示主权”。他们其实既不是意识形态挂帅，也不是蓝营的打手，只是希望继续能在海上讨饭糊口的渔民而已。无论“紧急救难”还是“补给”，蔡当局都该让渔民登岛，“否则就是摆明了遗弃渔民”。
