监察体制改革以后，刑讯逼供、非法搜查等利用职权进行的犯罪由谁来侦查，一直存在争议。10月22日，《刑事诉讼法》修正草案提请十三届全国人大常委会第六次会议三审。草案三审稿延续一审稿、二审稿的思路，保留了检察院对刑讯逼供等犯罪的侦查权，但犯罪主体限定为司法工作人员。
接受采访的学者认为，此举符合国情也符合学界的期待。也有全国人大常委会委员、全国人大代表呼吁，监察机关工作人员实施刑讯逼供等犯罪，也应由检察院侦查。
国家监察体制改革被认为是近年来一项重大的政治体制改革。改革以后，过去由检察机关行使的查处贪污贿赂、失职渎职等职能已整合至各级监察委员会。2018年3月20日通过的《监察法》规定，监察委员会对涉嫌贪污贿赂、滥用职权、玩忽职守、权力寻租、利益输送、徇私舞弊以及浪费国家资财等职务违法和职务犯罪进行调查。为了与《监察法》衔接，《刑事诉讼法》在2018年上半年启动修改，修正草案于4月底首次提请审议。
草案一审稿删去了检察院对贪污贿赂等犯罪行使侦查权的规定，同时明确：“发现司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由检察院立案侦查。”财新记者注意到，草案二审稿及三审稿均维持了这一写法，未作改动。
清华大学法学院教授张建伟曾向财新记者表示，这一修改符合学界对国家权力配置的合理期待。“我认为监察委员会查办贪污贿赂案件是它的管辖范围，而渎职侵权案件最好继续由检察机关进行立案侦查。从草案来看，是保留了一部分对于司法人员职务犯罪的侦查权。”
北京师范大学国际反腐败教育与研究中心秘书长彭新林认为，监察委调查的对象是个人，而检察院进行法律监督的对象是机关单位，二者性质不同。而且检察机关对司法活动情况较为熟悉，因此由检察院对刑讯逼供等进行立案侦查是更符合国情的制度安排。
10月24日下午的分组审议中，有与会人员建议对这一条款再作修改。全国人大常委会委员、致公党中央副主席吕彩霞表示，监察机关调查人员是否属于司法人员，是有争议的。为了明确检察院立案侦查的范围，建议该条款的犯罪主体增加规定“调查人员”，另外把“可以”改为“应当”，避免导致司法实践中产生职责不清的问题。
列席会议的全国人大代表、安徽省淮北市人民医院医生任千里对此表示赞同。他说，很多人大代表提出建议，“司法工作人员”后面加上“监察工作人员”。“我也是这种意见，我也认为应该对监察工作人员的权力进行一些监督，这样才能保证其他工作人员的合法权利。”
